Det var Shelbys racingmeritter som førte til at Goodyear finansierte opprettelsen av den første Cobra-baserte Daytona Coupe, designet av Peter Brock. Denne elegante racerbilen, med banebrytende aerodynamikk, gjorde det umulige og slo Ferrari 250 GTO-modeller i Le Mans i 1964 for å sikre en seier i GT-klassen og en fjerdeplass sammenlagt. Det skulle imidlertid bli bedre.
Med Shelby endelig bak rattet i Fords GT40-program, begynte den ikoniske bilen raskt å ta form. Det skulle imidlertid bli en uheldig start. I 1964 fullførte ingen av de berømte nye Ford-modellene Le Mans, eller noe annet løp.
Som Shelby stolt bemerket, lyktes de imidlertid med å sette frykt i Enzo Ferrari da de nådde 351 km/t på det berømte Mulsanne-langstrekket.
1965 var en lignende historie. Ferrari tapetserte Le Mans-pallen igjen, og ikke en eneste GT40 krysset målstreken. 1965 var også året da Masten Gregory og Jochen Rindt fra North American Racing Team (NART) i en Ferrari 250 LM svært overraskende sørget for Goodyears første sammenlagtseier i Le Mans.