Shelbyn kilpamenestys johti siihen, että Goodyear rahoitti Peter Brockin Cobran pohjalle suunnitteleman Daytona Coupen kehitystyötä. Tämän virtaviivaisen kilpa-auton aerodynamiikka oli omaa luokkaansa, ja se päihittikin uskomattomalla tavalla Ferrarin 250 GTO -autot voittamalla vuoden 1964 Le Mansin GT-luokan ja sijoittumalla kokonaiskilpailussa neljänneksi. Parempaa oli kuitenkin vielä luvassa.
Kun Shelby viimein pääsi GT40-ohjelman puikkoihin, ikoninen auto alkoi nopeasti päästä kunnon vauhtiin. Alku ei kuitenkaan ollut kovin lupaava. Vuonna 1964 yksikään kovasti hehkutetuista Fordeista ei selvinnyt Le Mansissa loppuun asti, ja samoin kävi muissa kisoissa.
Shelby oli kuitenkin tyytyväinen huomatessaan, että hän oli saanut Enzo Ferrarin levottomaksi, kun auto saavutti 350 km/h:n huippunopeuden kuuluisalla Mulsannen suoralla.
Sama toistui vuonna 1965: Ferrari vei Le Mansin palkintosijat jälleen kerran, eikä yksikään GT40-autoista ylittänyt maaliviivaa. Samana vuonna North American Racing Team (NART) -tallin Masten Gregory ja Jochen Rindt voittivat yllättäen Le Mansin kokonaiskilpailun Ferrari 250 LM -autollaan. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun Le Mans voitettiin Goodyearin renkailla.